فيض پس از سخن بالا درصدد توجيه و تفسير روايات برآمده و مقصود از آنها را تغيير و تحريف معنوى و حذف تفسيرها و بيانهاى ائمهعليهم السلام نسبت به آيات مىداند. وى مىنويسد:
«لايبعدُ ايضاً ان يُقالُ اَنّ بعضَ المَحذوفاتِ كانَ مِن قَبيلِ التَفسيرِ و البيانِ و لَم يَكُن مِن اجزاءِ القرآنِ فَيكونُ التبديلُ مِن حيثُ المعنى اى حرّفوه و غَيّروه فى تفسيره و تأويله اَعنى حَمَلوهُ عَلى خِلافِ ما هُوَ بِهِ».12
«بعيد نيست همچنين گفته شود كه بعضى حذف شدهها از قبيل تفسير و بيان بوده نه از اجزاء قرآن. از اينرو دگوگونى در قرآن دگرگونى معنايى است يعنى تفسير و تأويل قرآن را تحريف كرده و تغيير دادند و آن را بر غير معناى مقصود حمل كردند.»
وى براى اين نوع تحريف سخنى از امام صادقعليه السلام مىآورد كه ايشان در نامهاى براى سعدالخير نوشتند: بعضى، حروف كتاب را نگه داشتند و حدود آن را تحريف كردند...
و در ادامه به روايت ديگرى از عامه استناد مىكند كه آنچه در مصحف علىعليه السلام مشخص شده بود ناسخ و منسوخ قرآن بود.
پس معلوم مىشود كه در قرآن علىعليه السلام تفسير و بيان قرآن بوده است كه در قرآن كنونى نيست چون تعيين ناسخ و منسوخ جزء قرآن نبوده است.13