متأسفانه در مورد تغییر و تحولی که پس از این تاریخ تا قرن پنجم در این حرم شریف به وجود آمده است، اطلاع دقیق و مستند تاریخی در دست نیست ولی با توجه به بحثهای گذشته به یقین این حرم در طول این سه قرن نیز مورد توجه عباسیان و شیعیان بوده و در هر فرصت ممکن به تعمیر و تجدید بنای آن اهتمام ورزیدهاند.
اما مرحله بعدی تجدید بنای حرم از قرن پنجم آغاز شده که خوشبختانه اسناد و مدارک تاریخی زیادی در این زمینه وجود دارد. طبق مدارک مسلم تاریخی، گنبد و بارگاه حرم ائمه بقیع که از نظر استحکام و ارتفاع، ظرافت و زیبایی بر همه قبههای موجود در بقیع تفوق داشته و به مدت هشتصد سال سر بر آسمان میسوده و نظر مورخان و جهانگردان را به خود جلب میکرد، به دستور «مجدالملک ابوالفضل اسعد بن محمد بن موسی البراوستانی القمی»، وزیر برکیارق از سلاطین سلجوقی در بین سالهای 486 الی 498 هـ . ق ساخته شده است.
در این زمینه مورخ معروف ابن اثیر در حوادث سال 495 هـ . ق میگوید: «در این سال امیر مدینه منظور بن عماره حسینی دنیا را وداع گفت و او معماری را که از اهالی قم بود و از سوی مجدالملک بلاسانی برای ساختن قبه حسن بن علی و عباس عموی پیامبر در مدینه به سر میبرد، به قتل رسانید.»
همچنین مرحوم عبدالجلیل قزوینی زنده (در سال 556) در کتاب النقض میگوید: «قبه حسن بن علی که عباس بن عبدالمطلب پدر خلفا آنجا مدفون است مجدالملک فرموده است.»
شاید بهترین راه برای به دست آوردن کیفیت این بنای شریف و مشخصات آن مراجعه به ثبت مشاهدات و خاطرات مورخان و جهانگردان باشد. مشخصات «قبهای بزرگ و سر به فلک کشیده و بسیار مستحکم» مشترک در بین مشاهدات مورخان میباشد؛ جهانگردانی همچون ابن جبیر و ابن نجار در قرن هفتم خالد بن عیسی البلوی المغربی و ابن بطوطه (جهانگرد معروف) در قرن هشتم.